ครั้นมาถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระองค์ได้ทรงสร้างเรือขึ้นมาใหม่อีก ๖๗ ลำ ซึ่งมีทั้งเรือพระที่นั่ง เรือกระบวนปิดทอง เรือพิฆาต และเรือแซง ซึ่งเป็นเรือที่สำคัญๆ เป็นที่รู้จักมาจนเท่าทุกวันนี้

ในรัชกาลต่อๆมาก็ยังมีการสร้างเรือเพิ่มขึ้นมาอีก

รัชกาลที่ ๒ ๒ ลำ
รัชกาลที่ ๓ ๒๔ ลำ
รัชกาลที่ ๔ ๗ ลำ
รัชกาลที่ ๕ ลำเดียว
รัชกาลที่ ๖ ๒ ลำ
จากนั้นก็มิได้มีการสร้างเรืออีกจนถึงรัชกาลที่ ๙จึงได้มีการสร้างเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ ๙เนื่องในโอกาสกาญจนาภิเษก เรือที่สำคัญๆ และตกทอดมาจนถึงปัจจุบัน ก็ได้แก่ เรือพระที่นั่งอนันตนาคราช สร้างขึ้นครั้งแรกในรัชกาลที่ ๔ และมาสร้างขึ้นแทนลำเดิมอีกในรัชกาลที่ ๖ เรือพระที่นั่งอเนกชาติภุชงค์ สร้างขึ้นในรัชกาลที่ ๕ และ เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์ สร้างขึ้นในรัชกาลที่ ๖

ในช่วงสมัยสงครามมหาเอเชียบูรพา อู่เรือพระที่นั่งที่ปากคลองบางกอกน้อยถูกลูกระเบิดถล่มจนเรือเสียหายไปหลายลำ จากนั้นมาจึงมีการซ่อมแซมเรือ และโอนเรือพระราชพิธี ๓๖ ลำ ให้กรมศิลปากรดูแลเก็บรักษาไว้ที่อู่เรือพระราชพิธีปากคลองบางกอกน้อย และส่วนที่เหลืออีกราว ๓๒ ลำ เป็นพวกเรือตำรวจ เรือดั้ง เรือแซง กองทัพเรือเก็บรักษาไว้

สำหรับกระบวนพยุหยาตราที่มีในรัชกาลปัจจุบันนั้น ส่วนมากจะเป็นการเสด็จไปทอดผ้าพระกฐิน ณ วัดอรุณราชวราราม และ พิธีสำคัญๆ อย่างเช่น การฉลองสิริราชสมบัติครบ ๕๐ ปี กาญจนาภิเษก และ พระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๖ รอบ (สำหรับงาน เอเปค และ งานฉลองสิริราชสมบัติครบ ๖๐ ปี นั้น เป็นเพียงการสาธิตแห่กระบวนเรือ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมิได้เสด็จในกระบวน)

และย้อนกลับไปยังสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช
ด้วยเหตุที่สมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราชนั้น บ้านเมืองเจริญรุ่งเรือง มีการเจริญสัมพันธไมตรีกับประเทศต่างๆมากมาย ทั้งทรงสร้างเมืองลพบุรีขึ้น จึงมีการเสด็จฯ โดยกระบวนพยุหยาตราชลมารค และในบางโอกาสก็โปรดเกล้าฯ ให้จัดกระบวนเรือหลวงออกรับคณะราชทูต และแห่พระราชสาสน์ของพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ แห่งประเทศฝรั่งเศส จากกรุงศรีอยุธยา มายังเมืองลพบุรี

ในช่วงปี พ.ศ. 2199-2231 ปรากฏหลักฐานว่าเมื่อพระองค์เสด็จแปรพระราชฐานไปยังหัวเมืองต่างๆ มีการจัดกระบวนพยุหยาตราฯที่เรียกว่า “ขบวนเพชรพวง” เป็นริ้วกระบวนยิ่งใหญ่ 4 สาย พร้อมริ้วเรือพระที่นั่ง ตรงกลางอีก 1 สาย มีเรือทั้งสิ้นไม่ตำกว่า 100 ลำ ซึ่งนับเป็นกระบวนพยุหยาตราฯที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์และนับเป็นต้นแบบสำคัญของกระบวนพยุหยาตราฯในสมัยต่อๆ มา

บันทึกของนิโคลาส แชแวร์
 
ตามบันทึกของ นิโคลาส แชแวร์ ราชทูตฝรั่งเศสซึ่งเดินทางเข้ามาในสมัยนั้น ได้บรรทึกไว้ในหนังสือ ประวัติศาสตร์แห่งราชอาณาจักรสยาม ถึงกระบวนเรือไว้ว่า

"ไม่สามารถเทียบความงามกับขบวนเรืออื่นใดได้ เป็นขบวนเรือที่มโหฬาร มีเรือกว่า ๒๐๐ ลำ โดยมีเรือพระที่นั่งพายเป็นคู่ๆไปข้างหน้า เรือพระที่นั่งนั้น ใช้ฝีพายของพวกแขนแดงที่ได้รับการฝึกพายมาจนชำนาญ ทุกคนสวมหมวก เสื้อ ปลอกเข่า ปลอกแขน มีทองคำประกอบ เวลาพายพร้อมกับเป็นจังหวะจะโคน พายนั้นก็เป็นทอง เสียงพายกระทบเป็นเสียงประสานไปกับทำนองเพลงยอพระเกียรติของพระเจ้าแผ่นดิน"

บันทึกของกวีย์ ตาชาร์ด
ในปี พ.ศ. ๒๒๒๘ พระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ ทรงส่งลาลูแบร์เป็นราชทูตเข้ามายังประเทศไทย พร้อมกับคณะบาทหลวงเยซูอิด ซึ่งมีบาทหลวงผู้หนึ่ง คือ กวีย์ ตาชาร์ด เป็นผู้บันทึกเหตุการณ์ไว้ในหนังสือเรื่อง จดหมายเหตุการเดินทางสู่ประเทศสยาม ในตอนหนึ่งได้เล่าถึงขบวนเรือที่ใช้ออกรับเครื่องราชบรรณาการว่า

"มีเรือบังลังก์ขนาดใหญ่ ๔ ลำมา แต่ละลำมีฝีพายถึง ๘๐ คน ซึ่งเราไม่เคยเห็นเช่นนั้นมาก่อน ๒ ลำแรกนั้นหัวเรือทำเป็นรูปเหมือนม้าปิดทองทั้งลำ เมื่อเห็นมันมาแต่ไกลในลำน้ำนั้นดูคล้ายกับมันมีชีวิตชีวา มีเจ้าหน้าที่กองทหารรักษาพระองค์ ๒ นายมาในเรือทั้ง ๒ ลำ เพื่อรับเครื่องราชบรรณาการของสมเด็จพระเจ้ากรุงฝรั่งเศส ครั้นบรรทุกเสร็จแล้วก็ถอยออก ไปลอยลำอยู่กลางแม่น้ำอย่างสงบเงียบ และตลอดเวลาที่ลอยลำอยู่นี้ ไม่มีสุ้มเสียงใดเลยบนฝั่ง และไม่มีเรือลำได้เลยแล่นขึ้นล่องในแม่น้ำ เป็นการแสดงความเคารพต่อเรือบัลลังก์หลวง และเครื่องราชบรรณาการที่บรรทุกอยู่นั้น"

บาทหลวง ตาชาร์ด ยังเขียนถึงขบวนเรือที่แห่พระราชสาสน์ และเครื่องราชบรรณาการที่เดินทางออกจากกรุงศรีอยุธยา ไปยังเมืองลพบุรีไว้อีกว่า

"ขบวนอันยึดยาวของเรือบังลังก์หลวง ซึ่งเคลื่อนที่ไปอย่างมีระเบียบเรียบร้อยนี้มีจำนวนถึง ๑๕๐ ลำผนวกกับเรือลำอื่นๆ เข้าอีกก็แน่นแม่น้ำ แลไปได้สุดสายตา อันเป็นทัศนียภาพที่งดงามยิ่งนัก เสียงเห่แสดงความยินดีตามธรรมเนียมนิยมของชาวสยาม อันคล้ายจะรุกไล่เข้าประกับข้าศึกนั้น ก้องไปทั้งฟากแม่น้ำ ซึ่งมีประชาชาพลเมืองมาคอยชมขบวนเรือยาตราอันมโหฬารนี้อยู่"

ประวัติ
 สมัยเริ่มแรกของกระบวนเรือ
การเสด็จทางน้ำที่เรียกว่า กระบวนพยุหยาตราชลมารค นั้นมีหลักฐานมาตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัย ปรากฏไว้ว่า พระร่วงเจ้า (พระมหาธรรมราชา ๑) ทรงใช้เรือออกลอยกระทง หรือพิธีจองเปรียง ณ กลางสระน้ำ พร้อมทั้งเผาเทียนเล่นไฟในยามคืนเพ็ญเดือนสิบสอง

ในยุคกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี ตามพงศาวดารได้บันทึกไว้ว่า สมเด็จพระนเรศวรเมื่อคราวเสด็จไปตีเมืองเมาะตะมะ เสด็จพระราชดำเนินจากกรุงศรีอยุธยาโดยชลมารค พอได้เวลาฤกษ์ พระโหราราชครูอธิบดีศรีทิชาจารย์ ก็ลั่นกลองฆ้องชัยให้พายเรือพระที่นั่งศรีสุพรรณหงส์ อันเป็นเรือทรงพระพุทธปฏิมากรทองนพคุณ บรรจุพระบรมสารีริกธาตุถวายพระนามสมญา “พระพิชัย” นำกระบวนออกไปก่อนเพื่อความเป็นสิริมงคล

ครั้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี ซึ่งตัวเกาะกรุงนั้นเป็นเกาะที่ล้อมรอบไปด้วยแม่น้ำลำคลอง ชีวิตผูกพันกับสายน้ำ จึงปรากฏการสร้างเรือรบมากมายในกรุงศรีอยุธยา ยามบ้านเมืองสุขสงบ ชาวกรุงศรีอยุธยาก็หันมาเล่นเพลงเรือ แข่งเรือเป็นเรื่องเอิกเกริก โดยเฉพาะพระเจ้าแผ่นดินกรุงสยาม เมื่อจะเสด็จฯแปรพระราชฐานไปยังหัวเมืองต่างๆ หรือเสด็จฯไปทอดผ้ากฐินยังวัดวาอาราม ก็มักจะใช้เรือรบโบราณเหล่านั้นจัดเป็นกระบวนเรือยิ่งใหญ่ ดังนั้นในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชมีกระบวนเรือเพชรพวง ซึ่งเป็นเรือริ้วกระบวนที่ใหญ่มาก จัดออกเป็น ๔ สาย แร้วเรือพระที่นั่งตรงกลางอีก ๑ สาย ใช้เรือทั้งสิ้นไม่น้อยกว่า ๑๐๐ ลำ

ระหว่างการเคลื่อนกระบวนก็มีการเห่เรือพร้อมเครื่องประโคม จนเกิดวรรณกรรมร้อยกรองที่ไพเราะยิ่ง คือ กาพย์เห่เรือ ของ เจ้าฟ้าธรรมธิเบศร์ หรือเจ้าฟ้ากุ้ง ในสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ตอนปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา ซึ่งบรรยายถึงความงดงาม และลักษณะของเรือในกระบวนครั้งนั้น และบทเห่เรือนี้ยังเป็นแม่แบบของกาพย์เห่เรือที่ใช้กันในปัจจุบัน