แต่ผลการชันสูตรครั้งนั้น สรุปว่า การเสียชีวิตของผู้ตายเกิดจากการฆาตกรรมมีการจัดฉาก โดยมีเหตุผลสนับสนุนความเห็นดังกล่าวใน 4 ประการ คือ

ประการที่ 1 การไหลของคราบเลือดที่ปรากฏตามภาพถ่ายของผู้ตายขัดแย้งกับทฤษฎีแรงโน้มถ่วงของโลกและทฤษฎีการทรงตัวเพราะพบการไหลของเลือดจากบาดแผลไปจนถึงหน้าอกด้านซ้ายมีความยาวเกินไปซึ่งขัดแย้งกันกับทฤษฎีการบังคับกล้ามเนื้อซึ่งจะต้องหมดไปในทันทีหลังจากที่กระสุนเข้าไปทำลายระบบสมอง ประกอบกับการไหลของคราบเลือดจากรูหูด้านขวาที่ไหลย้อนกลับกับแรงโน้มถ่วงของโลก แสดงให้เห็นว่าร่างกายและศีรษะของผู้ตายต้องอยู่ในลักษณะตั้งตรงในชั่วขณะหนึ่งก่อนที่ผู้ตายจะเสียชีวิต
ประการที่ 2 เมื่อได้นำภาพถ่ายของผู้ตายไปขยายใหญ่พบว่า การชันสูตรศพในครั้งแรก เนื่องจากได้ตรวจพบลายพิมพ์นิ้วมือมนุษย์ที่ผิดปกติจำนวนหลายจุด อาทิ ที่กกหูด้านขวา, ใต้คางซ้าย, ใต้ข้อพับแขนซ้าย ซึ่งในประเด็นนี้ ทาง ผู้การกองปราบ ขณะนั้นอ้างว่า เป็นลายพิมพ์นิ้วมือของเจ้าหน้าที่ตำรวจกองพิสูจน์หลักฐาน ซึ่งขัดแย้งกับทฤษฎีการตรวจศพ และสถานที่เกิดเหตุ เนื่องจากผู้ตรวจจะต้องไม่ทำลายศพ หรือสถานที่เกิดเหตุให้เสียหาย การทำงานโดยปกติจะต้องสวมถุงมือทุกครั้ง
ประการที่ 3 จากการตรวจสอบสถานที่เกิดเหตุ ตามที่ปรากฏตามภาพถ่าย พบคราบเลือดบนโต๊ะกระจก อยู่ใต้กล่องกระดาษทิชชู นอกจากนี้ ข้างซ้ายของผู้ตายยังพบคราบเลือดมีลักษณะเป็นทางยาว คล้ายกับสิ่งของถูกเคลื่อนย้าย ขัดแย้งกับข้อสมมติฐานทางการแพทย์ ที่ว่า จะต้องไม่มีใคร เข้าไปเหยียบย่ำ หรือเคลื่อนย้ายศพหลังเกิดเหตุ
และประการที่ 4 คือ ความเห็นของผู้เชี่ยวชาญด้านนิติวิทยาศาสตร์ จาก 4 ประเทศ ที่ประกอบด้วย ผู้เชี่ยวชาญด้านอาวุธปืน ผู้เชี่ยวชาญด้านคราบเลือด และนิติวิทยาศาสตร์ ลงความเห็นไปในทิศทางเดียวกันว่า การเสียชีวิตของผู้ตายไม่ใช่การฆ่าตัวตาย แต่เกิดจากการฆาตกรรม
สาเหตุที่ทำให้เชื่อว่าเป็นการฆาตกรรมมีข้อสังเกต 13 ประเด็น
1.รอยร้าวที่กลางกระหม่อมยาว 11 เซนติเมตร ที่เกิดจากการทุบด้วยของแข็งก่อนที่จะถูกยิงตาย ซึ่งบาดแผลดังกล่าวตรวจพบในการผ่าชันสูตรศพครั้งที่ 2
2. ตามที่จำเลยอ้างว่าขณะเกิดเหตุเดินไปชงอาหารเสริมเนสวีต้า ห่างจากจุดเกิดเหตุประมาณ 15 เมตร จำเลยได้ยินเสียงคล้ายประทัด ใช้เวลาเดินกลับมาที่จุดเกิดเหตุประมาณ 40 วินาที ซึ่งเจ้าหน้าที่ตำรวจได้ทดลองยิงปืนในห้องเพื่อจำลองภาพ ปรากฏว่าได้ยินเสียงปืนดังชัดเจน แสดงว่าจำเลยให้การไม่ตรงกับความจริง
3. พบเขม่าดินปืนที่หลังมือผู้ตายน้อยกว่าในฝ่ามือ ซึ่งถือว่าเป็นเรื่องที่ผิดปกติ แสดงว่านายห้างทองไม่ได้กำปืนยิงตัวเอง
4. หลังนายห้างทองเสียชีวิต เขม่าปืนจะกระจายไปทั่วห้อง เมื่อตรวจคราบเขม่าที่มือจำเลย พบว่ามีจำนวนน้อยกว่าปกติ แสดงว่ามีการชำระล้างเพื่อทำลายหลักฐาน
5. เมื่อแกนสมองถูกทำลาย ปืนจะต้องล่วงลงพื้น ไม่ใช่กำปืนไว้
6. รอยคราบเลือดที่ผิดธรรมชาติ ทั้งที่ หน้าผาก ข้อพับแขนซ้าย และที่มือซ้ายของผู้ตายคล้ายกับมีคนไปสัมผัส
7. คราบเลือดที่พบบนพรมด้านซ้ายไม่สามารถระบุที่มาได้ อาจเกิดจากการที่บุคคลอื่นเข้าไปจัดศพแล้วเหยียบย่ำลงบนพรม
8. เลือดที่พบด้านซ้ายมีจำนวน 40-100 ซีซี ต้องใช้เวลาประมาณ 4-5 นาที แต่จำเลยใช้เวลาเดินไปพบศพเพียง 40 วินาที จึงไม่ตรงกับข้อเท็จจริง
9. เศษอาหารในกระเพาะอาหารของนายห้างทอง พบเพียงเศษส้มเช้ง แต่ไม่พบเศษบะหมี่กึ่งสำเร็จรูป หรือชมพู่ ตามที่จำเลยอ้างว่านายห้างทองรับประทานเข้าไปก่อนเสียชีวิต
10. รอยนิ้วมือแฝงของบุคคลอื่นที่ขวดน้ำเปล่า จากการตรวจรอยนิ้วมือของพยานที่เกี่ยวข้องแล้วไม่ตรงกับใครเลย
11. พบรอยนิ้วมือของผู้ตายและจำเลยที่กระป๋องโค้กของผู้ตาย แต่น้ำในกระป๋องมีอยู่เต็ม แสดงว่ามีการสร้างหลักฐาน
12. ท่านั่งของนายห้างทองหลังถูกยิง เป็นท่าที่ผิดปกติ เอนตัวไปด้านหลัง แล้วเหยียดขาไปข้างหน้า ทั้งที่ก่อนเกิดเหตุ จำเลยเห็นนายห้างทองนั่งอยู่ในท่าปกติ
13.จำเลย (นายนพดล)อ้างว่าเปิดประตูเข้าไปในห้อง เห็นศพของนายห้างทองจึงร้องตะโกนบอกคนในบ้านว่านายห้างทองยิงตัวตาย ทั้งๆ ที่ยังไม่ได้เดินเข้าไปดูศพอย่างใกล้ชิด แล้วทราบได้อย่างไรว่านายห้างทองยิงตัวตาย

ครั้งที่ 3 สรุปว่า ฆ่าตัวตาย
คณะแพทย์ผ่าพิสูจน์ศพนายห้างทองเป็นครั้งที่ 3 นำโดย น.พ.สุพจน์ แจ่มสุวรรณ รองหัวหน้าภาควิชานิติเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้ผลสรุปและชี้ชัดตรงกันว่า สาเหตุการเสียชีวิตของนายห้างทองเกิดจากการฆ่าตัวตาย ซึ่งตรงกับผลผ่าพิสูจน์ครั้งที่ 1 ไม่ใช่ถูกฆาตกรรม ตามผลผ่าพิสูจน์ครั้งที่ 2 ของ พ.ญ.คุณหญิงพรทิพย์ โรจนสุนันท์ รักษาการผู้อำนวยการสถาบันนิติวิทยาศาสตร์
นายนภดล พร้อมด้วย น.พ.สุพจน์ แจ่มสุวรรณ รองหัวหน้าภาควิชานิติเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย หนึ่งในทีมผ่าตรวจพิสูจน์ศพนายห้างทอง ครั้งที่ 3 ยื่นรายงานผลการผ่าตรวจพิสูจน์ศพนายห้างทอง ประกอบด้วย
1.ภาพเอกซเรย์ 15 ภาพ
2.ภาพถ่าย 65 รูป ภาพ จากกล้องจุลทรรศน์ 12 รูป รวม 87 รูป
3.รายงานผลการตรวจพิสูจน์อีก 8 แผ่น
โดยการตรวจและผ่าพิสูจน์ศพนายห้างทอง ได้มีการระดมแพทย์ผู้เชี่ยวชาญจากสถาบันต่าง ๆ กว่า 6 สถาบัน มาร่วมผ่าพิสูจน์ครั้งนี้จำนวน 10 คน โดยทำงานตั้งแต่วันที่ 11 ม.ค. 2549 เวลาประมาณ 13.00 น.และสิ้นสุดลงเวลา 21.40 น.
ขั้นตอนเริ่มตั้งแต่ทำฟลูโอโรสโคป และเอกซเรย์ศพ จากนั้นพิมพ์นิ้วมือศพโดยเจ้าหน้าที่จากกองทะเบียนประวัติและอาชญากร ผ่าพิสูจน์ศพอย่างละเอียด รวมทั้งตรวจชิ้นเนื้อที่อยู่ในถุงพลาสติกภายในโลงศพ ผิวหนังตามร่างกาย และหนังศีรษะ และได้ส่งชิ้นเนื้อดังกล่าวไปตัดสไลด์ที่ภาควิชานิติเวชศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล
ได้ผลสรุปและชี้ชัดตรงกันว่า สาเหตุการเสียชีวิตของนายห้างทองเกิดจากการฆ่าตัวตาย ซึ่งตรงกับผลผ่าพิสูจน์ครั้งที่ 1 ไม่ใช่ถูกฆาตกรรมแต่อย่างใด
โดยมีเหตุผลประกอบ 3 ประการ คือ
ประการที่1.พบรอยแตกในกะโหลกศีรษะทั้งสองรอย เกิดขึ้นในเวลาใกล้เคียงกัน ซึ่งกระสุนลูกปรายจะมีแรงอัดสูงกว่ากระสุนลูกโดดหลายหมื่นเท่า สามารถทำให้กะโหลกศีรษะเกิดรอยแตกร้าวแยกขึ้นอีกได้ โดยมีจุดเชื่อมต่อตรงรอยประสานกึ่งกลางกะโหลกศีรษะ จึงขัดแย้งกับผลการผ่าพิสูจน์ศพ ครั้งที่ 2 ของ พ.ญ.คุณหญิงพรทิพย์ ที่ระบุว่า พบรอยแตกจุดแรกเกิดขึ้นจากการถูกตีที่ศีรษะ ก่อนที่จะเกิดรอยแตกร้าวจุดที่สองจากการถูกยิง
ประการที่ 2 ผลการผ่าพิสูจน์พบว่า วิถีกระสุนเกิดจากการยิงในระยะประชิดแนวระนาบ และไม่พบร่องรอยการถูกทำร้าย
ประการที่ 3 ผลการตรวจทางพิษวิทยา ซึ่งตรวจพิสูจน์เส้นผม ไม่พบหลักฐานที่อ้างว่าผู้ตายถูกทำให้หมดสติก่อน
การผ่าศพครั้งนี้ ทางแพทย์ได้ตัดชิ้นเนื้อไปตรวจอย่างละเอียดทางห้องปฏิบัติการ พร้อมทั้งได้ประสานขอตัวอย่างชิ้นเนื้อจากคณะแพทย์ที่ทำการชันสูตรศพในครั้งที่ 2 มาทำการเปรียบเทียบ ซึ่งการผ่าชันสูตรครั้งนี้มีการทำอย่างตรงไปตรงมาตามหลักวิชานิติเวชศาสตร์ โดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญจากหลายสถาบัน ซึ่งผลที่ออกมาจะเป็นไปอย่างตรงไปตรงมา และเพียงพอที่จะให้คำตอบและสามารถอธิบายประเด็นที่ศาลให้มาทั้ง 9 ประเด็นได้ นอกจากนี้ ยังสามารถให้ความกระจ่างโดยใช้หลักเกณฑ์ทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งรายงานที่จะเสนอศาลจะมีรายละเอียดค่อนข้างชัดเจนถึงพฤติการณ์และสาเหตุการเสียชีวิตของนายห้างทอง โดยเป็นความเห็นที่ตกผลึกอย่างเห็นพ้องต้องกันของคณะกรรมการ ซึ่งคิดว่ารายงานผลการชันสูตรครั้งที่ 3 จะสมบูรณ์ครบถ้วน แต่ต้องขอเวลารวบรวมพยานหลักฐานต่างๆ ก่อน รศ.นพ.วิสูตร กล่าว
ลองใช้วิจารณญาณกันดูเอาเองก็แล้วกัน ระหว่างการพิสูจน์ศพ อดีตประธานาธิบดี จอห์น เอฟ เคนเนดี้ ของสหรัฐฯ กับการพิสูจน์ศพนายห้างทอง ได้พิสูจน์กันถึง 3 ครั้งเหมือนกัน แต่ใครมั่วกว่ากัน
------- ตอนต่อไป มือปืนจะมาบอกถึงเรื่องหลังยิงคนตายแล้ว เขาแก้เคล็ดอย่างไร วิญญาณจึงไม่ตามหลอกหลอน -------
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++