คำว่า ปอเนาะ เป็นสำเนียงภาษามลายูจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่เพี้ยนมาจากภาษามลายูทั่วไป ปนดก (Pondok) ซึ่งเดิมเป็นคำอรับ ฟุนดุก (Funduk) บรรดานักวิชาการได้แปลคำคำนี้ว่า กระท่อม โรงแรม หรือ สถานที่ค้างคืน  ส่วนคำว่า ปอเนาะ  ที่ใช้อยู่ในปัจจุบันนี้เป็นสถาบันอิสลามศึกษาที่มีผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้านหรือที่เรียกว่าโตะครู เป็นผู้มีอำนาจสูงสุดและได้ทำการสอนตำราเรียนที่ได้รับการยอมรับในสังคมวิชาการมลายูมุสลิมให้กับโตะปาเก(นักศึกษา) ที่ใช้กระท่อมภายในสถาบันเป็นที่อาศัยโดยใช้บาลาหรือสถานที่ละหมาดเป็นศูนย์กลางและใช้สือภาษามลายูเป็นหลัก โดยมิได้คำนึงถึงค่าตอบแทนใดใดทั้งสิ้น ประเทศเพื่อนบ้านจะเรียกสถาบันนี้ว่า ปนดก ส่วนชาวอินโดนีเซียจะเรียกว่า เปอซานแตรน (Pesantren)

ปอเนาะถูกสถาปนาเป็นครั้งแรกในจังหวัดชายแดนภาคใต้ภายในช่วงที ๒ ของศตวรรษที่ ๑๖ ณ. บ้าน สะนอ โดย วัน มูซา เบ็ญ วัน มุฮัมมัด ซอลีฮ อัล-ลากีฮีย ภายในต้นศตวรรษที่ ๑๗ ปอเนาะก็ถูกสถาปนาอีกโดยหลานชายของท่าน คือ วัน ฮุเซ็น ซนาวีย์ ณ. บ้าน ตะโละมาเนาะ จากนั้นปอเนาะก็เกิดขึ้นในช่วงท้ายของศตวรรษที่ ๑๗ ณ. บ้านปาวฮเบาะ และภายในศตวรรษที่ ๑๗ จังหวัดชายแดนภาคใต้ก็มีปอเนาะหลายแห่งด้วยกัน เช่น ปอเนาะกัวลอบือเกาะ ปอเนาะกรือเซะ ปอเนาะสือมือลา ฯลฯ จนในที่สุดจังหวัดชายแดนภาคใต้กลายเป็นสถานศึกษาที่สำศัญในเอเชียตะวันเชียงใต้อีกสถานหนึ่งซึ่งควบคู่กับอาเจห์ และมีนักศึกษาจากประเทศเพื่อนบ้าน เช่น ประเทศมาเลเซีย   อินโดนีเซีย เมียนมา ฟิลิปิน และกัมพูชา นอกจากนั้นปอเนาะยังสามารถผลิตนักวิชาการอิสลามนานาชาติ เช่น เชคดาวูด และเชคอัฮมัด ด้วยเหตุนี้เองจังหวัดชายแดนภาคใต้จึงเป็นที่รู้ในนาม “กระจกเงาแห่งนครเมกกะ”

ในปี ๑๙๖๑ รัฐบาลได้เสนอโครงการปรับปรุงการศึกษาในเขตพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อปรับปรุงปอเนาะให้เป็นโรงเรียนราษฎร์สอนศาสนาอิสลาม โครงการนี้ได้รับการตอบรับจาก ฮายี ฮารูน สุหลง เจ้าของโรงเรียนธรรมวิทยามูลนิธิเป็นครั้งแรก ทุกวันนี้จะมีโรงเรียนประเภทนี้อยู่ประมาณ ๑๙๖ โรง น้อยกว่าปอเนาะซึ่งมีอยู่ขณะนี้ประมาณ ๓o๓ สถาบัน การปรับปรุงการศึกษาดังกล่าวทำให้บทบาทของการศึกษาถูกลดจากความเป็นนานาชาติสู่ท้องถิ่น จะมีนักศึกษาทั่วทุกภูมิภาคของประเทศไทยโดยเฉพาะภาคใต้ตอนบน

ในช่วงที่ ๒ ของศตวรรษที่ ๒o มีการสถาปนาขบวนการแบ่งแยกดินแดนขึ้น เช่น BRN PULO ฯลฯ ดังนั้นเป็นที่ต้องยอมรับกันว่าขบวนการแบ่งแยกดินแดนมิได้เกิดจากตำราเรียนที่สอนอยู่ในปอเนาะ หากเกิดจากตำราเรียนนั้นจริงก็ย่อมมีขบวนการแบ่งแยกดินแดนขึ้นตั้งแต่ศตวรรษที่ ๑๖ และจะเกิดขึ้นในหลายๆพื้นที่ของประเทศเพื่อนบ้าน ตลอดจนภูมิภาคอื่นของประเทศไทย อันเนื่องจากมีนักศึกษามากมายทีมาศึกษา ณ. ปอเนาะในจังหวัดชายแดนภาคใต้ และหากย้อนถึงประวัติผู้นำพูโลอย่าง นายหะยีมะแอ และหะยีดาโอะ ท่าน้ำ ต่างก็มิใช่บุคคลที่มีความรู้ในด้านตำราวิชาการปอเนาะและโรงเรียนราษฎร์สอนศาสนาอิสลาม

จากนั้นจะเห็นได้ว่าอุดมการณ์แบ่งแยกดินแดนก็ไม่ต่างกับวิชามารนอกตำราเรียนของบรรดาตำรวจบางนาย      ดังนั้นแนวคิดกำจัดปอเนาะและโรงเรียนราษฎร์สอนศาสนาอิสลามเพื่อทำลายอุดมการณ์แบ่งแยกดินแดนก็เหมือนกับกำจัดโรงเรียนตำรวจเพื่อทำลายวิชามารนั้นเอง อันเป็นแนวคิดที่สร้างความราวใจให้กับบุคคลที่เกี่ยวข้องกับสถาบันการศึกษาดังกล่าวทุกทุกคน