พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้พระราชทานพระราชดำริให้ทำการฟื้นฟูสภาพของดิน เพื่อให้เกษตรกรสามารถนำไปใช้ในการประกอบอาชีพได้อย่างยั่งยืน โดยใช้วิชาการในหลายๆ ด้าน ประกอบกันเป็นการดำเนินการแก้ไขในลักษณะผสมผสานของหลายๆ หน่วยงานแบบบูรณาการ โดยดำเนินการพัฒนาด้านต่างๆ อาทิ การพัฒนาปรับปรุงดินโดยใช้ปุ๋ยพืชสด และการปลูกพืชตระกูลถั่วเป็นพืชแซม การป้องกันศัตรูพืชโดยวิธีธรรมชาติ การศึกษาความเหมาะสมของการใช้ประโยชน์ที่ดิน

ในการปลูกไม้ผล การฟื้นฟูสภาพป่า การบำรุงพันธุ์ไม้เดิม ไม้มีค่าหายาก และไม้มีค่าทางเศรษฐกิจ การจัดทำสวนสมุนไพร การรวบรวมพันธุ์ไม้ป่าหายากในภาคตะวันออก การสาธิตการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำในกระชัง การสาธิตการเพาะเลี้ยงพันธุ์ปลาสวยงาม ซึ่งราษฎรสามารถนำไปประกอบอาชีพเป็นรายได้เสริม นอกเหนือจากการทำการเกษตร รวมทั้งแนะนำส่งเสริมระบบสหกรณ์ให้แก่เกษตรกร การให้บริการสีข้าว ฝึกอบรมการแปรรูปผลผลิตเพื่อจำหน่าย อันจะทำให้เกษตรกรมีรายได้ที่มั่นคงสมบูรณ์ต่อไป

ในการดำเนินงานของศูนย์ศึกษาแห่งนี้ มีลักษณะการดำเนินงานแบบผสมผสาน มีหน่วยงานต่างๆรวมกันดำเนินงานในพื้นที่ ได้แก่ กรมวิชาการเกษตร กรมส่งเสริมการสหกรณ์ กรมส่งเสริมการเกษตร กรมป่าไม้ กรมประมง กรมปศุสัตว์ กรมชลประทาน กรมพัฒนาชุมชน กรมโยธาธิการ วิทยาลัยเกษตรและเทคโนโลยีฉะเชิงเทรา และมีหน่วยงานนอกศูนย์ฯ ตลอดจนภาคเอกชน สนับสนุนการดำเนินการอีกมาก โดยมีกรมพัฒนาที่ดิน เป็นหน่วยงานหลักประสานการดำเนินการ และบริหารงานโดยคณะกรรมการ คณะทำงานต่างๆ ทั้งในระดับส่วนกลาง ระดับจังหวัด และระดับอำเภอ 

      ๑. ด้านการอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากร
                ๑.๑ การฟื้นฟูทรัพยากรป่าไม้และอนุรักษ์ธรรมชาติ
                ๑.๒ การฟื้นฟูทรัพยากรดิน
                ๑.๓ การฟื้นฟูทรัพยากรแหล่งน้ำ
                ๑.๔ การศึกษาวิจัยพันธุ์พืชและพัฒนาเทคโนโลยีด้านการเกษตร

      ๒. งานค้นคว้าวิจัย 
                ๒.๑ ผักหวานบ้าน
                ๒.๒ โครงการสร้างพันธุ์ลูกผสมสองชั้นในพืชผักรับประทานผล
                ๒.๓ ข้าวโพดหวานลูกผสมสามทางพันธุ์ "ฉัตรทอง 2-9 F1"
                ๒.๔ ทดสอบปลูกข้าวโพดหวานพันธุ์ฉัตรทอง 2-9 F1

                ๒.๕ ข้าวโพดหวานพันธุ์ "ฉัตรทอง 1-4"
                ๒.๖ ข้าวโพดข้าวเหนียวลูกผสมเดียวชั่วที่ 1 พันธุ์ "ฉัตรเงิน F1"
                ๒.๗ ถั่วฝักยาวพันธุ์ "พนมสารคาม"
                ๒.๘ พันธุ์ไม้หายาก อาทิ จำปีสิรินธร , สิรินธรวัลลี , เปล้าน้อย , ยี่หุบปลี , พระเจ้าห้าองค์ เป็นต้น

      ๓. งานขยายผล
                ๓.๑ การจัดระบบอนุรักษ์ดินและน้ำจากงบประมาณประจำปี
                ๓.๒ การจัดสร้างแหล่งน้ำโดยใช้งบประมาณของสำนักงาน กปร.

      ๔. งานเผยแพร่ประชาสัมพันธ์
                ๔.๑ ต้อนรับผู้เข้าร่วมศึกษาดูงานเยี่ยมชมศูนย์ฯ ซึ่งมีทั้งภาครัฐและเอกชน โดยจัดให้มีเจ้าหน้าที่บรรยายให้กับคณะเยี่ยมชม พื้นที่ โดยทำการสรุปผลจำนวนผู้เข้าเยี่ยมชมเป็นรายเดือน

จากการดำเนินงานที่ผ่านมาศูนย์ฯ ได้ปรับปรุงและฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติพื้นฐาน เพื่อให้สามารถนำมาใช้ประกอบการเกษตรได้อย่างยั่งยืนตามแนวพระราชดำริ กล่าวคือได้จัดสร้างแหล่งกักเก็บน้ำไว้ใช้ในฤดูแล้ง สร้างสภาพป่าและไม้ยืนต้นในบริเวณโครงการและพื้นที่ข้างเคียงเป็นการปรับสภาพแวดล้อมและเพิ่มความชุ่มชื้นให้มากขึ้น สร้างระบบอนุรักษ์ดินและน้ำ เพื่อป้องกันการชะล้างพังทลายของดินซึ่งปัจจุบันพระองค์ได้พระราชทานพระราชดำริให้ใช้หญ้าแฝกในการดำเนินการดังกล่าว 

และปรับปรุงบำรุงดินให้อุดมสมบูรณ์ขึ้นหลังจากนั้นได้ศึกษาหาเทคโนโลยีพัฒนาการปลูกพืช เลี้ยงสัตว์ โดยเน้นวิธีการผสมผสานเป็นการรักษาสมดุลธรรมชาติและประหยัด เพื่อเป็นตัวอย่างให้เกษตรกรเข้าศึกษาหาความรู้ นำไปปรับใช้กับพื้นที่ของตนเองได้ ตลอดจนใช้เป็นสถานที่ฝึกอบรมศึกษาดูงานของผู้สนใจทั่วไป จากนั้นได้ขยายผลออกสู่หมู่บ้านบริเวณรอบศูนย์ให้ราษฎรมีความเป็นอยู่ที่ดีขึ้น 

        ๑. พื้นที่ศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนฯ อำเภอพนมสารคาม จังหวัดฉะเชิงเทรา มีเนื้อที่ ประมาณ 1,250 ไร่ 
        ๒. โครงการส่วนพระองค์เขาหินซ้อนฯ อำเภอพนมสารคาม จังหวัดฉะเชิงเทรา มีเนื้อที่ 655 ไร่

        ๓. หมู่บ้านรอบศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนฯ พื้นที่ลุ่มน้ำโจน จำนวน 15 หมู่บ้านในเขตตำบลเขาหินซ้อน และตำบลเกาะขนุน มีเนื้อที่ประมาณ 113,214 ไร่
        ๔. พื้นที่ราษฎรน้อมเกล้าฯ ถวาย บริเวณตำบลบ้านซ่องและตำบลเขาหินซ้อน อำเภอพนมสาร คาม มีเนื้อที่ 33 ไร่

        ๕. โครงการพัฒนาพื้นที่บริเวณเขาชะโงก จังหวัดนครนายก มีเนื้อที่ประมาณ 23,157 ไร่

        กรมชลประทาน 
        กรมวิชาการเกษตร 
        กรมที่ดิน
        กรมป่าไม้ 
        กรมส่งเสริมการเกษตร 
        กรมส่งเสริมสหกรณ์

  ต้นพระศรีมหาโพธิ ในหลวงทรงปลูก

 กรมประมง 
        ตำรวจตระเวนชายแดน 
        กรมส่งเสริมอุตสาหกรรม
        กรมปศุสัตว์ 
        กระทรวงสาธารณสุข 
        จังหวัดฉะเชิงเทรา
        กรมพัฒนาที่ดิน 
        กรมการพัฒนาชุมชน 
        กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช 
        สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย

        ศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อน อันเนื่องมาจากพระราชดำริ ตั้งอยู่ ณ ตำบลเขาหินซ้อน อำเภอพนมสารคาม จังหวัดฉะเชิงเทรา ห่างจากกรุงเทพมหานครประมาณ 100กิโลเมตร ทางทิศตะวันออก อยู่บนฝั่งขวาของถนนฉะเชิงเทรา -กบินทร์บุรี ตามทางหลวงแผ่นดินสาย304 ห่างจากที่ว่าการอำเภอพนมสารคาม ประมาณ 15 กิโลเมตร